雨果与父亲大山居住在宁静的小村庄，但她心中藏着一个惊天秘密：曾踏入过与人类世界平行的神秘空间。传说中，神创造了这片神奇之地，凡人若误入其中，三天后便会化作动物。每年仅有九十九只幸运儿被选为族民，而统领它们的族长啦啦，正是雨果最亲密的伙伴。
自从记事起，雨果便未曾见过母亲，大山一直谎称妻子在外从事科考工作。思念成疾的雨果常写信倾诉心声，却意外发现这些信件从未寄出，全被父亲偷偷藏匿。面对女儿的追问，大山终于吐露真相：原来雨果的母亲也曾发现过神秘世界的入口，并因此下落不明。
为了寻回挚爱的母亲，雨果毅然拉着父亲再次踏上前往神秘世界的旅程。他们的到来为这个世界带来了充满惊喜的清晨，老朋友们的重逢更是喜悦满满。族长啦啦的法术日益精进，憨厚的熊大叔也暗恋上了兼具功夫与美貌的原住民首领兰，大家正沉浸在温馨的团聚氛围中。
然而，平静的时光很快被一只疯癫企鹅的警告打破，它宣称神秘世界即将面临毁灭危机。原来，一条凶恶的巨龙闯入了神的领地，给这片净土带来了前所未有的威胁。面对迫在眉睫的灾难，雨果必须与伙伴们并肩作战，在拯救世界的同时揭开母亲失踪的终极谜底。
